Die Geschichte unseres Dorfes reicht bis in graue Vorzeit zurück. Lange vor Christi Geburt soll sich hier eine keltische Siedlung befunden haben. Im Jahre 15 nach Christus wurde das Gebiet römische Provinz "Navoe". Dieses "Navoe" wurde von den Historikern in Eggenthal gesucht. Davon zeugen vier Meilensteine; einer befindet sich im Maximilianmuseum in Augsburg. Römische Straßen, sehr dauerhaft gebaut, durchquerten das Land. Schon vor 1800 Jahren führte die alte Römerstraße von Mailand kommend von Kempten (Campodunum) über Obergünzburg nach Eggenthal und weiter nach Augsburg. Im 12. Jahrhundert knüpft sich die Geschichte unseres Dorfes an ein Rittergeschlecht "Von Eggintale" an, das von seiner auf dem Seelenberg gelegenen Burganlage den Ort beherrschte. Die Burg wechselte öfter den Besitzer und wurde um 1370 samt Dorf Eigentum des Klosters Irsee. In dessen Besitz blieb es bis zur Säkularisation im Jahre 1803.
Die Bauern waren mit ihren Lehensherren nicht immer zufrieden, so kam es 1525 zum großen Bauernaufstand, der im Juli desselben Jahres beendet wurde.
Hundert Jahre später brach eine ganz schlimme Zeit an, der Dreissigjährige Krieg. "Der Schwed" ist komma, hat alles mitgnomma, hat d' Fenschter eigschlaga, hat´s Blei davotraga, hat Kugla draus gossa, hat Baura verschossa". Von Eggenthal ist zu lesen, dass der größte Teil der Leute durch Hunger zugrunde ging.
Im Gefolge kam der "schwarze Tod", die Pest. Damals, im Jahre 1628, wurde auf dem Seelenberg der Pestfriedhof eingerichtet. In der Nähe dieses Friedhofs beschlossen Kinder, eine Kapelle aus Holz zu bauen. Dies war der Grundstein unserer heutigen Marien-Seelenkapelle.
1803 wurde das Kloster Irsee aufgehoben und drei Jahre später war Eggenthal eine selbstständige Gemeinde des neuen Königreiches Bayern.
Am 1. Januar 1978 wurde die bis dahin selbstständige Gemeinde Bayersried in die Gemeinde Eggenthal eingegliedert, wodurch Eggenthal mit den Nachbargemeinden Baisweil und Friesenried die Verwaltungsgemeinschaft Eggenthal gründeten.Heute gehören 22 Weiler und Einzelgehöfte zur Gemeinde mit insgesamt ca. 1.350 Einwohnern.
Im Übrigen leben in Eggenthal nach einer Umfrage im Jahr 2005 die zufriedensten Frauen in Deutschland.
